A última tentativa de Raiden

Depois do Armageddon todos os guerreiros ficaram muito poderosos devido ao que ocorrera. Mesmo com a queda de Blaze que fez a verdade voltar as mentes dos lutadores os lados foram restaurados e seguiu-se uma batalha final que resultou em Raiden e Shao Kahn lutando no alto da Pirâmide de Argus. Mas Shao Kahn está muito poderoso e derrota Raiden. Pouco antes de sofrer o golpe final e ser morto, Raiden envia uma mensagem mental para o seu eu do passado. A mensagem dizia "He must win!" (Ele deve vencer!) Assim o tempo retrocede para o inicio do 9° Mortal Kombat de Earthrealm (Mortal Kombat). O Raiden do passado recebe a mensagem e não sabe o que está havendo, mas sabe que algo ruim está para acontecer.
Retrocedendo os acontecimentos para o primeiro torneio da série, hospedado por Shang Tsung, uma versão do passado de Raiden tem visões do futuro, devido ao seu amuleto agora rachado. Raiden chega à conclusão de que o lutador Liu Kang deve vencer o torneio e salvar Earthrealm de Outword. Liu Kang vence o feiticeiro mas o amuleto de Raiden continua a deteriorar-se, um sinal de que eventos futuros mantêm-se inalterados. Decepcionado com a derrota de Outword, Shao Kahn ordena a execução de Shang Tsung, mas cede quando o feiticeiro sugere um segundo torneio em Outword. Raiden tenta mudar a linha do tempo, substituindo Liu Kang (que na verdadeira linha do tempo foi o vencedor desse torneio) por Kung Lao, na esperança que ele fosse o  campeão do segundo torneio.
Shao Kahn, no entanto, mata Kung Lao em combate, e Liu Kang enfurecido fere mortalmente o Imperador. Raiden observa que a linha do tempo ainda não foi alterada, já seu amuleto continua a deteriorar-se. Curado pelo feiticeiro Quan Chi, Shao Kahn então faz uma aliança com o feiticeiro e invade Earthrealm. Juntamente com lutadores como Nightwolf, Raiden e Liu Kang tentam parar Kahn, mas muitos de seus aliados são assassinados pela esposa de Shao Kahn, Sindel, que foi ressuscitada por Quan Chi, assim, Nightwolf se sacrifica para matá-la. Então, Raiden enfrenta Quan Chi, e pela aliança com Kahn, percebe que a mensagem, "Ele deve vencer" refere-se a Shao Kahn - se Shao Kahn fundir a Exoterra com o Plano Terreno, ele será punido pelos Deuses Anciões por violar as regras do Mortal Kombat.
Liu Kang, no entanto, acusa Raiden pela morte de seus aliados e o ataca, enquanto Shao Kahn se aproxima. Na tentativa de preservar o futuro, Raiden acidentalmente mata Liu Kang. De luto, Raiden se rende a Shao Kahn. Os Deuses Anciões intervêm, possuindo Raiden e usando-o como uma forma de condenar e punir Kahn por quebrar as regras do Mortal Kombat. Após matar Kahn, Raiden promete proteger o Plano Terreno com os sobreviventes Johnny Cage e Sonya. É revelado que Quan Chi na verdade tem uma aliança com o seu mestre, Shinnok, e pretende tirar vantagem do caos que toma conta dos reinos e da derrota de Shao Kahn para conquistar tanto Earthrealm quanto Outword, em nome de Netherealm.